Wintersemester 2025/2026

In der Vorlesung wird auf die genomische Organisation des Pflanzengenoms und die neuartige analytische Sequenzierungsmethoden und deren Anwendung in der Biologie eingegangen. Ein großer Teil befasst sich mit der Datenanalyse und Verarbeitung der Sequenzierung der dritten Generation, einschließlich Datentypen und Fehlern sowie Verarbeitungsmethoden.

Im Praktikum wird ein Pflanzengenom mit der Oxford Nanopore Technologie sequenziert und assembliert. Dazu wird die DNA aus den Pflanzen extrahiert, um eine Oxford Nanopore-Bibliothek herzustellen. Diese wird sequenziert und die resultierenden Daten assembliert und bioinformatisch analysiert.

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In diesem V-Modul werden verschiedene Aspekte der Samenbiologie in Pflanzen untersucht. In der Vorlesung werden Dormanzmechanismen und Samenkeimung, Speicherpolymere im Samen, und die Analyse der Zusammensetzung der Samenschale diskutiert.

Im Praktikumsteil werden Experimente zur Untersuchung der Keimung und das Brechen der Samenruhe durchgeführt. Der Samenschleim (Mucilage) wird extrahiert und kolorimterisch analysiert sowie die Samenschalen mit Farbstoffen und Antikörpern angefärbt.

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Sommersemester 2026

In der Vorlesung wird auf die genomische Organisation des Pflanzengenoms und die neuartige analytische Sequenzierungsmethoden und deren Anwendung in der Biologie eingegangen. Ein großer Teil befasst sich mit der Datenanalyse und Verarbeitung der Sequenzierung der dritten Generation, einschließlich Datentypen und Fehlern sowie Verarbeitungsmethoden.

Im Praktikum wird ein Pflanzengenom mit der Oxford Nanopore Technologie sequenziert und assembliert. Dazu wird die DNA aus den Pflanzen extrahiert, um eine Oxford Nanopore-Bibliothek herzustellen. Diese wird sequenziert und die resultierenden Daten assembliert und bioinformatisch analysiert.

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In this course, the relevance of epigenetics in plants will be explored. The students will learn how plants respond to changing resources (e.g., water) through epigenetic adaptations. They will gain insights into how stress factors such as drought affect DNA methylation. By analyzing concrete plant datasets, students will investigate how environmental changes shape the epigenome. In the end, course participants will be able to describe key epigenetic mechanisms, particulary in response to environmental stress. The students will acquire practical skills in bioinformat ics, including an introduction to the Linux operating system, handling and analyzing FASTQ files, shell scripting & automation, Bash, as well as working with HPC systems and clus ters. Beyond expanding their knowledge in epigenetics and Next-Generation Sequencing (NGS), students will learn to analyze both 2nd-generation sequencing data (short reads from Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) and 3rd-generation sequencing data (long reads from Oxford Nanopore sequencing) for specific methylation patterns.